Uživatelský manuál

Nahrání souborů

Vyber soubory

Zmáčknutím na "Vyber soubory" se otevře okno, kde lze vybrat požadované HILLS soubory. Lze vybrat i více souorů pomocí Ctrl nebo Shift klávesy.

Přetažení souborů

Navíc je možné soubory nahrát jejich přetažením do bílé plochy ve středu programu. Lze přetáhnout i více než jeden soubor.

Příklady

Na ukázku byly do programu přidáno několik HILLS souborů. Kterýkoliv lze vybrat klikem na Příklady a vybráním příslušného příkladu. Dodatečné informace o simulacích, které vyprodukovaly dané HILLS soubory jsou obsaženy v článku.

Tento program podporuje HILLS soubory vytvořené v Plumedu 1.3 i Plumedu 2.x. Potenciálové kopce jsou programem řazeny podle času vytvoření, aby byl potenciál po spuštění vizualizace přidáván stejně jako pro simulaci. Automatické řazení lze vypnout (viz dále).

Ovládací tlačítka

Jazyky English Czech

Tlačítko v horním pravém rohu ovládá výběr jazyků. V současné verzi jsou podporovány pouze čeština a angličtina.

Spustit/Zastavit Spustit Zastavit

Spustí či zastaví vizualizaci dat.

Reset Reset

Vrátí vizualizaci na začátek.

Meření Měření

Otevře okno s nástroji pro měření energií a jiných veličin (viz dále).

Rychlost
0.3 x

Nastaví rychlost vizualizace. Střední rychlost (1x) je nastavena tak, aby celá vizualizace běžela 10 sekund. Pokud počítač nestíhá vizualizaci propočítávat, rychlost vizualizace se sníží.

Rozlišení
128px

Nastaví velikost výpočetní matice, do které je přidáván potenciál. Toto rozlišení neovlivňuje rozlišení výsledného obrázku, ale určuje kvalitu plochy volné energie.

Export Export

Otevře okno pro export výsledného obrázku. Více informací naleznete v sekci "Export obrázku"

Loop Loop

Když je tato volba vybrána, tak se vizualizace nezastaví na konci, ale bude opět pokračovat od začátku.

WebGL WebGL

Nastavuje použití technologie WebGL. WebGL je lepší pro vizualizaci, ale nemusí na některých zařízeních fungovat. Pokud zařízení WebGL nepodporuje, WebGL je vypnuto nehledě na toto tlačítko.

Změna velikosti Resize

Zmáčknutí a držením levého tlačítka myši je monžé měnit velikost zobrazované plochy. Pokud je velikost plochy téměř čtvercová, na přesně čtvercovou se upraví.

Jezdec

Ovládací prvek nad spodními kontrolními tlačítky. Zobrazuje průběh vizualizace a také umožňuje tento průběh měnit posunutím jezdce na libovolnou stranu.

Přiblížení
Přiblížení

Kolečkem myši se přibližuje a oddaluje pohled. Pohled je přibližován k aktuální pozici myši.

Posun

Pokud je pohled přiblížen, je možné posunovat přiblíženou oblast držením pravého plačítka myši.

Úprava os
Přejmenování CV

Přejmenování kolektivní souřadnice lze provést klikem na její popisek a napsání nového jména.

Jednotky energie

Jednotky energie lze měnit klikem na popisek. Dvě možnosti jsou: kJ/mol and kcal/mol. Program nedokáže rozeznat správné jednotky energie z HILLS souboru, proto je nutné toto nastavit ručně.

Export obrázku
Uložení obrázku

Po kliknutí na tlačítko "Export" se celá vizualizace nahradí obrázkem, který je možné stáhnout pomocí kliknutí pravým tlačítkem a vybrání "Uložit jako ...".

Rozlišení obrázku

Bohužel není možné nastavit dpi obrázku, ale je možné zvětšit rozlišení zvětšením obrázku před exportem.

Exportovaný obrázek bude stejný jako vizualizace, takže je nutné všechny změny (změna názvů os apod.) provést ještě před exportem.

Měření

Měření je přístupné po otevření okna tlačítkem "Měření" (viz výše)

Volná energie a CV souřadnice

Umístěním kurzoru na libovolné místo grafu se zobrazí příslušná volná energie a CV souřadnice.

Rozdíl energií

Stisknutím levého tlačítka myši a tažením v grafu se zobrazuje energetický rozdíl mezi původním a aktuálním místem.

Nejbližší kopce

Klikem na libovolné místo grafu se zobrazí tři kopce, které jsou k danému místu nejblíž. Kopce jsou zobrazeny jako časový údaj, aby je bylo možné vyhledat v trajektorii.

Pokročilá kontrola

Každé nastavení, které bylo změněno, je zapsáno do URL (adresní řádek) a odděleno znakem &. Většina nastavení lze měnit díky příslušným tlačítkům, ale některé nastavení tlačítka nemají. Tyto nastavení, které lze měnit pouze pomocí URL, budou popsány zde.

Testy

tst=1 - spustí testy pro kontrolu programu. Každý z testů by měl projít, ale neúspěch v některém testu nemusí znamenat, že program nebude fungovat.

tst=2 - spustí testy pro ohodnocení výkonu. Každý test je připraven tak, aby na autorově počítači dosáhl 100 bodů. Počet bodů nižší než 20 v kterémkoliv testu znamená, že vizualizace bude značné zpomalena.

Úroveň zpráv

log=X - každá zpráva z programu má určitou úroveň od úrovně 4 (debugovací informace) do úrovně 1 (chybové hlášky). Ale pouze zprávy, které mají nižší či stejnou úroveň jako X budou zobrazeny. Takže při log=1 budou zobrazeny pouze chybové hlášky.

HILLS řazení

sort=false - Vypne řazení kopců podle času v HILLS souborech. Automatické řazení by mělo zvládat mnoho situací (multiple walker, restarty, ...), ale někdy vypnutí řazení může pomoci.